Η Ρεφλεξολογία είναι μια τέχνη των αρχαίων χρόνων. Παρόλο που δεν υπάρχει ακριβής ημερομηνία για τις ρίζες της, σε Αιγυπτιακό τάφο στην Σακκάρα το 2500 π.Χ. βρέθηκε απεικόνιση ανδρών που κάθονται και δέχονται μάλαξη σε χέρια και πόδια. Στην ιερογλυφική γραφεί ο δέκτης έλεγε «Μην με πονέσεις» και ο άνθρωπος που παρέδιδε την μέθοδο του απαντούσε «Θα ενεργήσω έτσι που θα με επαινείς».

Το 1582 εκδόθηκε το πρώτο βιβλίο σχετικά με την Ζωνοθεραπεία στην Ευρώπη από δυο εξέχοντες γιατρούς τους Dr. Adamus και Dr.Atatis. Σε σύντομο χρονικό διάστημα δημοσιεύτηκε ένα βιβλίο από τον Dr. Bell στο Λονδίνο.

Στην Γερμανία και στην Ρωσία ερευνούσαν παρόμοιες έννοιες με διαφορετική προσέγγιση. Λιγα χρόνια μετά, ένας γιατρός με το όνομα William H. Fitzgerald, παρουσίασε μια ιδέα την οποία ονόμασε Ζώνο-Ανελγησία ή Ζώνο- Θεραπεία.

Η Ζώνο-Ανελγησία ήταν μια μέθοδος που ανακούφιζε τον πόνο δια μέσου πιέσεων σε συγκεκριμένα σημεία σε όλο το σώμα. Το 1913 ο Fitzgerald χώρισε το σώμα σε 10 κάθετες ζώνες, 5 σε κάθε πλευρά που ξεκινούσαν από το κεφάλι και κατέληγαν στα δάκτυλα χεριών και ποδιών, μπρος και πίσω. Κάθε σημείο του ανθρωπίνου σώματος εμφανίζεται σε μια από τις 10 ζώνες και κάθε ζώνη έχει ένα ανακλαστικό σημείο στα χέρια και στα πέλματα.

Ο Fitzgerald και ο συνεργάτης του Dr. Edwin Bowers, απέδειξαν ότι εφαρμόζοντας πίεση σε κάποιο σημείο του σώματος, μπορεί να προκαλέσουν αναισθησία ή να μειώσουν τον πόνο σε κάποιο αντίστοιχο σημείο, ενώ το 1917 δημοσίευσαν το βιβλίο «Relieving Pain at Home», που εξηγούσε την ζωνοθεραπεία και στο μπροστινό μέρος του βιβλίου έγραφε:

«Η ανθρωπότητα αφυπνίζεται στο γεγονός ότι η αρρώστια, στο μεγαλύτερο ποσοστό της, είναι ένα λάθος μυαλού και σώματος»

Λίγο αργότερα το 1930 η φυσιοθεραπεύτρια Eunice D. Ingham , διερεύνησε την θεραπεία καθώς δούλευε μαζί με τον Dr. Shelby Riley και απέκτησε μεγάλη εμπειρία πάνω στις αντανακλάσεις των σημείων. Η έρευνα της Ingham ήταν και η αρχή της ανακάλυψης ότι στα πέλματα του ανθρώπου αντικατοπτρίζονται συγκεκριμένα όργανα του σώματος.

Η Ingham το 1938 εξέδωσε το βιβλίο των ευρέσεών της, που είναι και η βάση της Ρεφλεξολογίας,  με το όνομα «Stories the Feet Can Tell» , το οποίο μεταφράστηκε σε 7 γλώσσες και έτσι ταξίδεψε η γνώση της Ρεφλεξολογίας πέρα από τις Η.Π.Α. Το μπέρδεμα Ρεφλεξολογία και Ζωνοθεραπεία ξεκινάει από αυτό το σημείο επειδή ο ξένος εκδότης άλλαξε τον τίτλο του βιβλίου από"The Stories The Feet Can Tell" σε "Zone Therapy" γι'αυτό και σε κάποια μέρη στον κόσμο ακόμη υπάρχει η αντίληψη της Ζωνοθεραπείας. Όμως υπάρχει μια βασική διαφορα ανάμεσα στις δυο θεραπείες. Η Ζωνοθεραπεία στηρίζεται αποκλειστικά και μόνο στις ζώνες για να προσδιορίσει την περιοχή που θα δουλευτεί, ενώ η Ρεφλεξολογία βασίζεται πάνω στις ζώνες καθώς και τα ανατομικά σημεία για να προσδιορίσει την περιοχή ή τις περιοχές που θα τοποθετηθεί. Η Eunice Ingham πέθανε σε ηλικία 85 ετών απόλυτα πεπεισμένη ότι η Ρεφλεξολογία μπορεί να βοηθήσει στην εξάλειψη των δυσκολιών της υγείας του ανθρώπου.

Το 1968 δυο αδέλφια, οι Dwight Byers και η Eusebia Messenger, ίδρυσαν το Εθνικό Ινστιτούτο Ρεφλεξολογίας. Στις αρχές της δεκαετίας του 1970 το Ινστιτούτο μεγάλωσε και μετονομάστηκε σε Διεθνές Ινστιτούτο Ρεφλεξολογίας.